به گزارش خبرگزاری قرآنی ايران (ايكنا) شعبه كرمان، در اين زمينه گفتار مقام معظم رهبری بسيار گوياست: «ايشان خصوصيات اخلاقی داشت كه نظير آن را ما خيلی كم داريم؛ مرحوم شهيد مطهری و بيش از ايشان شهيد بهشتی بسيار شيفته خصوصيات اخلاقی دكتر باهنر بودند مهمترين خصوصيات ايشان اين بود كه كار زياد و مفيد و جمع و جور را بدون هيچگونه تظاهر و هيجان ظاهری انجام میداد. مردی عميق، صبور و بردبار، كمحرف، متين، پركار، جدی، صميمی، صديق و با صفا بود. ايشان در نوشتن خوشذوق، اديب و دارای نوشتههای آهنگين و زيبا بود و به هر حال يك انسان كمنظير و برجسته بود.»
در مورد خصوصيات اخلاقی شهيد باهنر، حجةالاسلام «مهدوی كرمانی» كه مدتهای مديد با ايشان در مدرسه حجتيه همحجره و هم بحث بودهاند نكات جالبی بيان میدارند.
«بطور كلی برخورد شهيد با كسانی كه نزد ايشان میآمدند بسيار صميمی و دوستانه بود و حتی میتوانم بگويم كه ايشان از برادر نيز نزديكتر بودند و بسيار هم خودمانی صحبت می كردند. وی تا آنجا كه میتوانست نمازش را اول وقت و با جماعت اقامه میكرد و معمولاً اول غروب در صحن مدرسه فيضيه به نماز جماعتی كه به امامت آيةالله اراكی تشكيل میشد حضور میيافت و ظهرها هم در نماز جماعتی كه به امام مرحوم آية اللهزنجانی برگزار میشد شركت میكرد.
مدتی كه ما با هم بوديم چون با هم يك درس مشترك داشتيم و از طرفی آن درس بعد از اذان صبح تدريس میشد در مسجد حاضر شده و بدين ترتيب ايشان نماز صبح را نيز به امامت آيةالعظمی مرعشی نجفی و يا آيةالله العظمی گلپايگانی اقامه میكرد و اعتقاد زيادی به نماز شب و زيارت جامعه كبيره و ساير ادعيه داشت كه در مواقع تنهايی به آنها مشغول بود.
همچنين مواقعی كه به اتفاق دوستان به مسجد جمكران میرفتيم بيشتر اوقات پياده بوديم و ايشان طبق دستوراتی كه در آداب مسجد جمكران نوشته شده، كاملاً عمل به آنها را رعايت میكرد.
اصولاً از نماز شب و نمازهای مستحبی غفلت نمیكرد و حتی بعضی از دوستان ايشان، وی را برای اينكه زياد به اين گونه عبادات اهتمام میورزيد، گوشزد میكردند كه مبادا از درسش كه مقصود اصلی است غافل شود، ولی ايشان با توجه به اينكه نماز و دعا را وسيله صفای قلب و موجب برقراری رابطه انسان با خدای خود میدانست، معتقد بود به اين صورت بهتر میتواند به درسش بپردازد و لذا از انجام اين اعمال غفلت نمیكرد و بسيار بیآلايش بود.